आगरकरांच्या अज्ञेयवादी भूमिकेतून ईश्वरावरील श्रद्धा अप्रमाणितच असते – असिद्धचअसते. आगरकर हे समाजसुधारक असल्याने समाजामध्ये प्रचलित असलेल्या अनिष्ट रूढी, परंपरा यांच्यावर त्यांनी सातत्याने प्रहार केले. सती, बालविवाह, बळी देण्याची प्रथा, शिमगा यांपासून तो स्त्रियांचे पोषाख, मृतासंबंधीचे विधि इत्यादि विषयांवर त्यांनी लिखाण केले. सर्वसाधारणपणे समाजासंबंधीचे विधि इत्यादि विषयांवर त्यांनी लिखाण केले. सर्वसाधारणपणे प्रचलित असणार्याे रूढी, पंरपरा, चालीरीती, सणवार हे धर्मसंकल्पनेशी निगडित असल्याने व धर्म सर्वसामान्यपणे ईश्वरनिष्ठ, ईश्वरवादी असल्याने तात्त्विकदृष्ट्या किंवा ‘इंद्राय तक्षकाय स्वाहा’ या नात्याने अ-धार्मिक निरीश्वरवादाची भलावण समाजसुधारकांकडून केली जाते. परिणामतः समाजसुधारणा ही ईश्वर आणि धर्म या विरोधी असलेले तत्त्वयुद्ध आहे असे समाजसुधारक आणि धार्मिक मानतात. परंतु ईश्वरावरचा विश्वास आणि धर्म यांचा जनमानसावरील पगडा एवढा जबरदस्त आहे की त्यानी अनेक देशांमध्ये अनेक समाजसुधारक पचवले असे दृश्य दिसते. म्हणून समाजसुधारणा झाल्याच नाहीत असे नसून काही बाबतीत काही प्रमाणात समाजसुधारणा घडून आल्या. त्या समाजसुधारकांमुळे घडून आल्या की आर्थिक सामाजिक-राजकीय बदलांमुळे घडून आल्या हा प्रश्न वेगळा. सर्वसामान्य जनतेला ज्याचीउपयुक्तता पटली आहे – जे सामान्य हिताचे आहे त्याबाबतीत धर्मग्रंथांना रूढींना मान्य नसलेले बदलसुद्धा घडून आले आहेत.
प्रश्न असा की ईश्वर, धर्म आणि अंधश्रद्धा यांचा अन्योन्य संबंध काय आहे? ईश्वरावरील श्रद्धा आणि उदा. अघोरी ऊपायांनी संततिप्राप्त होते ही श्रद्धा एकाच प्रकारची आहे काय? दोन्ही श्रद्धांना विवेकाचा आधार नाही म्हणून दोन्ही श्रद्धा त्या अर्थाने अंध आहेत, म्हणजे विवेकाचा आधार नसलेल्या, ईश्वराचे अस्तित्व बुद्धीने विवेकाने सिद्ध करता येत नाही या अर्थाने.
तरीसुद्धा या दोन श्रद्धा प्रकारतः भिन्न आहेत. या एकाच प्रकारच्या आहेत हे सिद्ध करण्यासाठी हे दाखवावे लागेल की अघोरी उपायांनी संतती प्राप्त होते या किंवा यासारख्या अनेक सामाजविघातक श्रद्धा ईश्वरावरील श्रद्धेतून निर्माण होतात, प्रत्येक वेळेला प्रत्येक ठिकाणी; तरच त्यांचा कार्यकारण संबंध प्रस्थापित होऊ शकतो, अन्यथा नाही. संतती नसलेले पण ईश्वरावर श्रद्धा असणारे सर्व लोक अघोरी उपायांनी संतती प्राप्त करण्याचा प्रयत्न करतात असे आहे का? सर्व ईश्वरनिष्ठ धार्मिक लोक बुवाबाजी किंवा विघातक अशा अंधश्रद्धेचे बळी आहेत का? ईश्वरावरील श्रद्धा ही अ-सामाजिक किंवा समाजविघातक आहे काय? काही धार्मिकांनी ईश्वराच्या, धर्माच्या नावांखाली समाजविघातक कृत्ये केली म्हणून ईश्वरावरील श्रद्धा ही समाजविघातक श्रद्धांचे उगमस्थान आहे हे सिद्ध होत नाही. धर्म, ईश्वरावरील श्रद्धा समाजविघातक अंधश्रद्धा असे समीकरण मांडणे चूक आहे. समाजव्यक्तिविघातक अंधश्रद्धानिर्मूलनाचे कार्य आवश्यक आणि स्तुत्य आहे. बुवाबाजी, भानामती, गंडेदोरे इत्यादि वे तथाकथित दैवी चमत्कार दाखवून लोकांची फसवणूक करण्याच्या व्यक्तींपासून समाजाला जागरूक करण्याचे कार्य, उपक्रम, आणि ईश्वरावरील श्रद्धा व धर्म या स्वतंत्र बाबी आहेत. हे कार्य करणार्याय व्यक्ती नास्तिक आणि अ-धार्मिक असू शकतात. पण त्यांनी तसे असणे आणि अंधश्रद्धानिर्मूलनाचे कार्य करणे यांचा अनोन्यसंबंध नाही.
अंधश्रद्धानिर्मूलनाचा तात्त्विक आधार निरीश्वरवाद आणि धर्म नाकारणे आहे हे चुकीचे आहे. समाजसुधारक अकारण ईश्वर आणि धर्म यांना शत्रु कल्पून त्यांच्याविरुद्ध बौद्धिक संघर्ष करीत आहेत. त्यापेक्षा विघातक अंधश्रद्धा निर्मूलनाच्या कार्याचा सर्वसामान्य जनहित हा आधार ठेवणे उचित. अंधश्रद्धानिर्मूलनाचे कार्य ईश्वर आणि धर्म विरोधी आहे असा अकारण आभास निर्माण करून ते त्यांच्याच कार्याची हानी करतात.